拥有3个国家重点学科（人体解剖与组织胚胎学、内科学<消化>、中西医结合临床）；2个国家重点（培育）学科：病理学与病理生理学、外科学（骨外）；5个国家中医药管理局重点学科（中医内科肾病学、中药制剂学、中医内科脑病学、中药药理学，中医痹病学）；10个广东省重点学科（人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、血液病学、消化系统学、传染病学、神经外科学、骨外科学、军事预防学）；14个省、部级重点实验室（在国内独立医科大学中位居第一）。同时拥有中药和西药2个国家药品临床研究基地。1个教育部工程研究中心，1个教育部工程技术中心建设项目，2个省部共建重点实验室，13个广东省重点实验室，4个广东省教育厅重点实验室。国家重点学科分别布局在3个一级学科，省级重点学科覆盖24个二、三级学科。学校以项目为纽带建设了五大学科群：用于疾病诊断的生物新技术研究、重大疾病的分子基础及药物筛选、器官衰竭的防治研究、应对核化生恐怖的医学防护技术研究、疑难病证中西医结合诊疗方案优化及新制剂研发，2008年，该五大学科群被广东省评为第三期“211工程”重点建设项目，获得建设经费逾亿元。
